Game đang được phát triển bởi cùng nhóm Firaxis phụ trách phát triển các bản mở rộng của Civilization V, và dự kiến rằng là một trong những cơ chế mới nhất được giới thiệu trong số này sẽ có mặt trong Civilization VI vào ngày ra mắt.[11] Điều này dựa theo quy tắc "33/33/33" Sid Meier's của việc thiết kế phần tiếp theo: 33% của trò chơi vẫn giữ lại hệ thống được lập, 33% là hệ thống được cải tiến so với phiên bản trước đó, và 33% còn lại là vật liệu mới.[12] Firaxis đã dùng "Frankenstein", một nhóm nhỏ người hâm mộ hãng Firaxis chuyên dụng, chia sẻ ý tưởng để cải thiện lối chơi.[12] Do số lượng hệ thống đồ sộ tại chỗ, hãng dự kiến sẽ xuất xưởng game bằng một hướng dẫn quy mô lớn, riêng biệt nhưng bổ sung các hướng dẫn do các cố vấn trong game khác nhau của người chơi đưa ra.[12]

Một nền tảng quan trọng trong giai đoạn phát triển Civilization VI là ngăn người chơi khỏi những thói quen sau đây trong suốt quá trình chơi game, theo trưởng nhóm thiết kế Ed Beach. Các nhà phát triển đặt trọng tâm nhiều hơn nữa về tầm quan trọng của bản đồ được tạo ra theo trình tự cái cách mà nó sẽ ảnh hưởng đến chiến lược của người chơi trong suốt diễn biến của game, do vậy không có nghĩa rằng Civilization VI là như nhau.[13] Ví dụ, cây công nghệ được thiết kế lại là nhằm kéo người chơi ra khỏi lộ trình tự động theo cây và và thay vào đó thích ứng với một con đường thông qua nó dựa trên vị trí của họ trên bản đồ.[3] Những tính năng như không chồng lấn thành phố và các quận nội đô trực tiếp dẫn tới hỗ trợ phương pháp này, kể từ lúc một số cải tiến quận và thành phố phụ thuộc đặc biệt vào những loại địa hình có sẵn gần đó.[13] Những thay đổi này cũng là kết quả của sự lựa chọn thiết kế được thực hiện bởi nhà thiết kế chính Jon Schafer của Civilization V trong suốt quá trình phát triển, chẳng hạn như không bố trí các đơn vị quân chung một nhóm. Những thay đổi trong Civilization V đã để lộ ra những mặt yếu kém về lối chơi trọng tâm của dòng game, cụ thể là cách mà thành phố chỉ đơn giản được xem như là nơi để đổ những mớ cải tiến và Kỳ quan (Wonders) có ít tác dụng trên bản đồ theo nhà sản xuất Dennis Shirk.[12] Beach, là nhà thiết kế chính cho Civilization VI, muốn cải thiện những điểm yếu này, đang ước ao biến trò chơi này "trở nên quan trọng như bất cứ thứ gì khác trong game", và tiếp bước nhằm gở bỏ kiểu sắp đặt các thành phố để thực hiện điều này, dựa theo cách mà Schafer bỏ sự chồng lấn các ô đơn vị quân trong Civilization V.[3][12] Theo lời Beach, những tính năng này giúp thêm vào những yếu tố quản lý thành phố tương tự như những thứ được tìm thấy trong các tựa game xây dựng thành phố, và buộc người chơi phải đưa những quyết định dựa trên vị trí địa lý của thành phố, thay vì gắn bó với một lộ trình cải tiến thành phố cụ thể.[3]

Do tầm quan trọng của địa hình xung quanh cho sự phát triển của một thành phố, hãng Firaxis đã phải xem xét lại trình tự dành cho các bản đồ game để đáp ứng phương pháp mới này. Beach đã lưu ý rằng việc thử nghiệm đầu tiên với các thành phố không chồng lấn trên quần đảo được tạo ra bởi hệ thống cũ khiến lối chơi của họ gần như khó mà làm được, và rằng với những ngọn núi trở thành một nguồn tài nguyên đáng giá hướng đến sự mở rộng thành phố, người chơi thử nghiệm sẽ khởi động lại bản đồ được xây dựng dựa trên hệ thống cũ của họ để có được những vị trí nằm bên phải ngọn núi nhằm khai thác chúng thành công.[8] Hệ thống thế hệ bản đồ mới cố gắng trải ra nhiều loại địa hình hơn, và ở những nơi có thể thiếu mất một loại địa hình quan trọng, bao gồm những vùng không gian địa hình có giá trị khác, chẳng hạn như một khu vực nhiều sông thiếu núi non.[8]

Beach trước đây từng phụ trách việc thiết kế một hệ thống trong bản mở rộng Civilization V: Brave New World đã cho "cấp độ Mayhem" vào trong các đối thủ máy;[8] về mặt nội bộ, game sẽ theo dõi bao nhiêu hành động đang xảy ra về phía người chơi, và nếu nó xác định rằng người chơi tiến triển mà không có chút thay đổi nào cả, máy sẽ gây ra một hoặc nhiều hơn các đối thủ do mình kiểm soát thực hiện những động thái thất thường, tạo ra một tình huống mới để cho người chơi tự xử lý. Cấp độ Mayhem sẽ được sử dụng trong Civilization VI, như theo lời Shirk thì nó là một "cách thực sự thú vị để bảo đảm rằng luôn có cái gì đó đang xảy ra để kéo người chơi tránh khỏi những gì họ đang làm hoặc những gì họ đang tập trung mọi lúc mọi nơi".[12] Trong lúc quá trình điều chỉnh này dành cho Brave New World yêu cầu phải chơi qua phần hướng dẫn trong game, Firaxis đã thiết lập một số máy tính trong văn phòng của họ để chạy Civilization VI, chỉ sử dụng các đối thủ do AI của máy điều khiển; kết quả và hành vi của những trận đấu này đã được xem xét bởi một phần của đội ngũ chuyên về hệ thống trí tuệ nhân tạo và dùng để cân bằng cấp độ Mayhem.[8]

Game đang được phát triển bằng một engine mới dự kiến sẽ thân thiện hơn đến quá trình mod.[11] Hình ảnh và các công cụ của trò chơi đều được lấy cảm hứng từ Thời đại Khám phá.[14] Các yếu tố giao diện người dùng sẽ có những thành phần như la bàn và tinh bàn. Sương mù chiến tranh sẽ được render bằng cách sử dụng nét vẽ kiểu gạch chéo để tái tạo những tấm bản đồ cũ lấy từ Thời đại Khám phá.[15] Các nhà phát triển dự tính mang trở lại những thước phim mà họ chiếu cho người chơi xem sau khi hoàn thành một Kỳ quan từ thời Civilization IV, nhưng giờ đây sẽ được render trong game, và như vậy biến thành quả cuối cùng của Kỳ quan trông ấn tượng hơn, họ còn phát triển một chu kỳ ngày-đêm đó tiếp tục vào trong game. Trong khi chu kỳ này sẽ không ảnh hưởng đến lối chơi trọng tâm, giám đốc nghệ thuật Brian Busatti dự đoán rằng tính năng này có thể được người làm mod sử dụng để tạo ra những cân nhắc chiến thuật mới.[15]

Game sử dụng diện mạo hoạt họa hơn so với Civilization V, theo như lời hãng Firaxis, bằng lối chơi sâu sắc hơn nhiều, họ muốn giữ lại hình ảnh đơn giản để tránh ảnh hưởng tới độ phức tạp của trò chơi.[9] Đồ họa của từng đơn vị quân và công trình đều được phát triển có thể nhìn chi tiết một cách dễ dàng khi phóng to, trong khi vẫn có khả năng nhận diện các đơn vị quân khác tương tự như khi nhìn từ xa.[15] Phong cách nghệ thuật đơn giản thiết thực cho phép người chơi nhanh chóng nhận ra các đơn vị quân và công trình khi nhìn cận cảnh một thành phố mà không cần phải trông cậy vào các tooltip giao diện người dùng hoặc những phiền nhiễu tương tự, theo như lời Shirk.[5] Các đơn vị quân riêng lẻ sẽ được thiết kế bao gồm cả sự tinh tế kết hợp với nền văn minh nhất định, chẳng hạn như gắn các kiểu mũ trụ khác nhau cho cùng một lớp đơn vị bộ binh.[15]